Морской порт Мезень расположен на реке Мезень, впадающей в Мезенский залив Белого моря, в 40 км от устья (65°53' с.ш., 44°08' в.д.). Площадь акватории составляет 191 кв. км. Порт имеет три причала: один – в г. Мезень и два – в п. Каменка Мезенского р-на. Порт является замерзающим, период навигации в нем осуществляется в среднем с середины мая по середину октября. Осадка судов, идущих в порт, не должна превышать в период сизигии 4,5 м, в период квадратуры – 3,9 м, длина должна быть не более 120 м, ширина – не более 15 м.
Основу перевозок в порту составляет северный завоз – поставки для нужд Мезенского и Лешуконского районов Архангельской области угля и дизельного топлива, речными судами осуществляются коммерческие каботажные перевозки. Безопасность мореплавания и порядок в порту обеспечивает Филиал ФГБУ «АМП Западной Арктики» в морском порту Мезень, расположенный в п. Каменка. Раньше через порт завозились и продукты питания. Но сейчас со строительством автодороги Архангельск – Мезень продукты и строительные материалы завозятся автотранспортом. Тем не менее, роль северного завоза определяет ключевое значение морского порта Мезень в транспортной системе региона.
Расчетная пропускная способность порта – 132 тыс. тонн в год, из них по сухим грузам – 116 тыс. тонн, по наливным грузам – 16 тыс. тонн. Емкость резервуаров для хранения нефтепродуктов 12 тыс. тонн. Крытых складов в порту нет. За навигацию 2017 года в морском порту Мезень перегружено 9,9 тыс. тонн грузов (в 2016 году – 9,8 тыс. тонн), количество судозаходов составило 44 против 54 в 2016 году.